El término «flora» tiene su origen en la botánica y hace referencia al conjunto de plantas que crecen en una región o ecosistema. Se adoptó históricamente en microbiología porque, en los inicios del estudio de los microorganismos, se pensaba que las bacterias eran similares a las plantas debido a sus características estructurales y su capacidad para crecer en medios específicos, como los cultivos sólidos. En ese momento, el conocimiento sobre la diversidad de los microorganismos era limitado, y no se comprendía plenamente su naturaleza.
Con el progreso científico quedó claro que las bacterias, junto con otros microorganismos como virus, hongos y arqueas, no tienen ninguna relación evolutiva con las plantas. Utilizar el término «flora» para describir comunidades microbianas perpetúa un error conceptual que ya no es coherente con nuestra comprensión moderna de la microbiota.